Первое общеобразовательное учреждение в станице Елизаветинской Азовского района Ростовской области было открыто в 1836 году. Это была мужская церковно-приходская начальная школа, а в 1863 году было открыто женское училище 3-го разряда, в котором обучались в течение пяти лет.

После Великой Октябрьской революции училище было переименовано в Школу Коммунистической Молодёжи (ШКМ), в которой обучались дети с 1 по 7 класс. Эта школа находилась в здании нынешних школьных мастерских.

В 1938 году на месте разрушенного храма началось строительство нового двухэтажного здания нынешней школы, которое завершилось в 1939 году. И в сентябре 1939 года школа приняла новых учеников.

Сначала она была семилетней, а после Великой Отечественной войны получила статус средней общеобразовательной школы и стала называться Елизаветинская средняя школа №54.

Постановлением главы администрации Азовского района № 403 от 27.03.2001 года Елизаветинская средняя школа № 54 переименована в муниципальное общеобразовательное учреждение Елизаветинскую среднюю общеобразовательную школу (МОУ Елизаветинская СОШ).

15 августа 2011 года постановлением администрации Азовского района № 913 муниципальное общеобразовательное учреждение Елизаветинская средняя общеобразовательная школа переименована в муниципальное бюджетное учреждение Елизаветинскую среднюю общеобразовательную школу Азовского района (МБУ Елизаветинская СОШ Азовского района).

Приказом по Азовскому РОО от 20.03.2015 г № 112 муниципальное бюджетное учреждение Елизаветинская средняя общеобразовательная школа Азовского района переименована в Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение Елизаветинская средняя общеобразовательная школа Азовского района (МБОУ Елизаветинская СОШ Азовского района), которое действует и до настоящего времени.