Обычно «мозговой штурм» состоит из четырёх обязательных этапов, различных по организации и правилам проведения.

I. Постановка проблемы. Этот этап считается предварительным. Он подразумевает чёткую формулировку проблемы, отбор участников и распределение их ролей (ведущего, помощников и т.д.). Распределение, в свою очередь, зависит от специфики проблемы и формы, в которой будет проводиться штурм. Не рекомендуется выносить на рассмотрение комплексную (очень сложную) проблему, лучше разбить ее на несколько простых (узких).

II. Генерация идей. Это основной этап и именно от него зависит успех всего предприятия. На этом этапе выдвигается максимальное количество идей, которые не должны подвергаться критике или оценке. На данном этапе преподаватель является как сторонним наблюдателем, так и непосредственным участником процесса, который координирует, корректирует и направляет процесс обсуждения. Преподаватель может выполнять роль ведущего или отдать эту роль одному из участников.

III. Отбор, систематизация и оценка идей. Это не менее важный этап, который иногда упускается из виду. Необходимо понимать, что посредством этого этапа становится возможным выделить по-настоящему эффективные идеи и привести весь мозговой штурм к общему знаменателю. В противоположность второму этапу оценка и критика приветствуются. Успешность данного этапа зависит от согласованности работы участников и общей направленности их мнений относительно решаемой задачи и предлагаемых решений.

IV. Этап рефлексии (опционный).